Почему кал на дисбактериоз - бесполезный анализ:

В топике мы собрали несколько постов врачей. Нужно доверять не словам врачей, а тем аргументам которые они приводят в постах.

Источник: Telegram: Contact @dr_sevastenkova

Микробиом в цифрах. Величайшее открытие человечества.

Для моих новых подписчиков несколько слов о чём я тут вещаю.

Я- врач лабораторной диагностики и исследователь микробиома. А рассказываю я что вообще такое Микробиом (микрофлора по-русски) и почему его называют «ключ» к активному долголетию и новый геропротектор, а также как восстановить и сохранить наш микромир.

До недавнего времени мы думали, что наша микрофлора-это парочка хороших ребят (бифидобактерии и лактобациллы), которые в одиночку противостоят отряду плохих парней (патогенам).

:rocket:И тут происходит прорыв в медицине в 2012 году. Human Microbiom Project- это логическое продолжение проекта «Геном человека» и считается величайшим открытием человечества.

Ученые открывают целую вселенную микробиома человека, огромное количество микроорганизмов, множество полезных бактерий и выявляют связь «Микробиом-здоровье».

А мы ещё подзастряли в прошлом веке, несём кал на дисбактериоз, смотрим 10 бактерий и пытаемся их «полечить». Смешно ведь?

Итак цифры:

:small_blue_diamond:Наш микробиом (совокупность всех микроорганизмов как снаружи так и внутри) насчитывает около 10- 100 триллионов микробных клеток, с соотношением к клеткам человека примерно 1:1.

:small_blue_diamond:Микробиом кишечника насчитывает более 10000 видов бактерий.

:small_blue_diamond:Около 70% микробиоты находится в желудочно-кишечном тракте и большая часть- в толстой кишке.

:small_blue_diamond:Оставаясь невидимым, вес микробиома может составлять от 0,2 до 1 кг.

:small_orange_diamond:У человека около 23 тыс генов. Метагеном бактериального состава кала человека включает 10 млн микробных генов, что в 150 раз больше генома человека! Что там закодировано? Какие важные функции? Мы разбирали.

:small_blue_diamond:Около 70% микробиома младенца «наследуется» от матери, причём воздействие микробов (или по крайней мере их метагеномов) может начаться задолго до родов.

:small_blue_diamond:К 3 годам формируется профиль микробиома кишечника, похожий на взрослый.

:small_blue_diamond:Большинство бактерий относятся к 4 основным типам в современной систематике бактерий: Bacteroidetes, Firmicutes(Bacillota), Actinobacteria и Proteobacteria.

:small_blue_diamond:Бактерии из типов Firmicutes и Bacteroidetes (мы и знать не знали о таких раньше) составляют более 90% бактериальной популяции в толстой кишке, и среди них- наши защитники, полезные представители. Эти микроорганизмы невозможно вырастить на стандартных питательных средах, поэтому мы о них и не знали.

:small_blue_diamond:Наши любимые Bifidobacterium составляют лишь…1-1,5% в толстой кишке взрослого человека. А не 90% как ранее считалось.

:small_blue_diamond:Lactobacillus и вовсе отсутствуют у 90% пациентов в метагеноме стула и это вариант нормы. Лактобациллы доминируют в верхних отделах жкт и отсутствуют либо присутствуют в стуле многих людей в очень низком значении (до 0,02%). Большинство лактобацилл - аллохтонные (транзиторные) из ферментированной пищи, ротовой полости, пробиотиков или более проксимальный отделов жкт.

:small_blue_diamond:Есть ещё один тип бактерий Verrucomicrobia, который составляет до 1% микробиома. К нему относится интересная бактерия Akkermansia, которая ассоциируется со здоровым слизистым слоем кишечника и здоровым метаболическим статусом.

:large_blue_diamond: Есть высоконаследуемая бактерия ультра-долгожителей Christensenella minuta- пробиотик нового поколения, связана с худым фенотипом. Она встречается редко в нашей популяции, лишь у 10- 20% населения и составляет менее 0,02% в толстой кишке.

:small_blue_diamond:Считают, что 90% болезней могут быть связаны с проблемами кишечной экосистемы.

:small_blue_diamond:Двое любых людей имеют 99,5% общих генов, но всего 25% одинаковых кишечных бактерий.

И приятная новость: микробиом намного более доступен и управляем, чем человеческий геном. И я как раз и рассказываю как мы можем им управлять нам во благо.

Анализ на “дисбактериоз”: пожалуйста, хватит

Источник: Telegram: Contact @GastroPub

Прилетели как-то на Землю инопланетяне. Посмотрели: ледники тают, озоновые дыры растут, панды не размножаются. Стали думать, отчего это все. Спустились в московский район Бирюлево. Взяли сотню человек, раздели, пощупали, допросили. Сделали вывод: озоновые дыры - из-за брюнетов (много их попалось), панды не размножаются из-за мужиков - их на летающей тарелке оказалось больше половины. Ну, а глобальное потепление - из-за рубля: у всех жителей Бирюлево в карманах оказалась эта валюта. Улетели инопланетяне к себе домой и по результатам исследования напечатали своими зелеными щупальцами десять кандидатских диссертаций.

Вот как-то так и проводится “анализ на дисбактериоз”.

Что не так с этим исследованием? Его же так часто назначают врачи!

  1. Давайте оговоримся: его назначают врачи только в странах бывшего СССР. За пределами этих государств простой посев стула для выявления дисбаланса микрофлоры не выполняется. Вы не найдете указаний на необходимость этого исследования ни в руководстве WGO по синдрому раздраженного кишечника, ни в рекомендациях ACG (Американской коллегии гастроэнтерологов) по острой диарее, ни в стандарте AAFP (Американской ассоциации семейных врачей) по наблюдению новорожденных с коликами. Ну и, естественно, никакого диагноза “дисбактериоз” нет ни в Международной классификации болезней, ни в хотя бы одном (!) нерусскоязычном учебнике.
  2. В нашем желудочно-кишечном тракте обитает не менее 1000 (тысячи!) видов бактерий, а число всех выявленных видов составляет 2172. Выполняя “анализ кала на дисбактериоз” мы помещаем в питательную среду стул и дожидаемся роста (появления колоний) приблизительно 20 видов бактерий, которые мы выбрали только потому, что они в состоянии расти в этой питательной среде. Большая часть кишечных обитателей не культивируется, то есть увидеть своими глазами их колонии в чашке Петри мы не можем. Иными словами, делая выводы о состоянии микрофлоры по размножению 20 видов, мы игнорируем подавляющее большинство бактерий.
  3. Норму количества бактерий в стуле, которые мы видим в бланке анализа на дисбактериоз, определяли неизвестно как. Есть целый отраслевой стандарт лечения пациентов с дисбактериозом. В нем нет ни единой фразы о том, почему нормальным мы должны считать содержанием каких-нибудь энтерококков от 10^5 до 10^8 в грамме стула. Ссылок на литературу в стандарте полно, но, что подозрительно, среди них нет ни одной зарубежной публикации. Ну а сами статьи и учебники не описывают, как именно сравнивали микрофлору здоровых и больных людей, то есть как именно был сделан вывод о нормальном содержании той или иной бактерии.
  4. Бактерии, обнаруживаемые в стуле (который формируется в толстой кишке) - это совсем не те же бактерии, что обитают в ротовой полости или тонкой кишке. Кроме того, бактерии в стуле (то есть в просвете кишки) - это совсем не бактерии, обитающие в слизи, защищающей кишечную стенку. Вообще, через наш пищеварительный тракт “пролетает” безумное количество чужеродных бактерий, грибов и вирусов. К счастью, большая их часть не могут подобраться к кишечной стенке: обитающая там пристеночная микрофлора конкурирует с “пришельцами”. Мы называем это явление колонизационной резистентностью, и именно ему мы обязаны тем, что первая же проглоченная со стаканом московской воды условно-патогенная бактерия не вызывает у нас понос.
  5. Состав и соотношение кишечных бактерий у каждого человека свои. Изучив (не посевом кала, конечно, а сложнейшими генетическими методами) состав бактерий в стуле, можно, например, угадать принадлежит ли образец жителю Нью-Йорка или побережья Амазонки. Ну, или в каком регионе отдельной страны (например, Дании). проживает человек, отправивший на анализ свои фекалии. В общем, истинный состав кишечной микрофлоры - наши “отпечатки пальцев”, и предполагать некую общую норму, а уж тем более судить о “нормальности” флоры всего по 20 видам из 1000 - смешно.
  6. То, будут ли размножаться бактерии на питательной среде, зависит не только от того, какие бактерии в стуле живут, но и от того, как стул собрали (с унитаза, со стерильной бумаги), как хранили (в холодильнике, у батареи, у окна), как быстро доставили в лабораторию. Много ли людей, которым рекомендовали анализ на дисбактериоз читали вот эту инструкцию, согласно которой кал нужно собрать в стерильную посуду, поместить в холодильник и нести в лабораторию не в руках, а в термосе с кубиком льда? Впрочем, даже при совершении этих действий результат анализа на дисбактериоз интерпретировать нормальный врач не может. А значит, не должен и пытаться это сделать.

В питательной среде появились колонии бактерий. К счастью для нас, действительно опасная Сальмонелла растет в питательной среде. Большая часть кишечных бактерий, увы, нет.

Так что, нет такого понятия - “дисбактериоз”?

Конечно, есть. Например, псевдомембранозный колит - тяжелое воспаление толстой кишки после антибиотика - самый настоящий дисбактериоз: погибли конкуренты, и поэтому размножается Clostridium difficile. Только для того, чтобы это лечить, совершенно не нужно констатировать очевидное - состав бактерий в кишке изменился. Достаточно подтвердить инфекцию (выявить токсины C.difficile) и назначить лечение.

Кишечная микрофлора, вне сомнения, влияет на все процессы в нашем организме. Пересадив стул от мыши с ожирением мышке с нормальным весом, у последней мы вызываем ожирение. Состав кишечных бактерий принципиально разный у людей с тревожностью и депрессией. Ну, а добавление пробиотика Bacteroides fragilis мышам, у которых искусственно вызвали аутизм, улучшает их социальные навыки. Прочитайте популярную книгу “Смотри, что у тебя внутри” известного микробиолога Роба Найта: наши знания о микрофлоре колоссальны, но применять их на практике (то есть для лечения болезней) мы пока только начинаем.

Просто отличная книжка

Состав бактерий можно и нужно изучать. Этому посвящено амбициозное международное исследование Human Microbiome Project с бюджетом $115 млн. Естественно, никакие “посевы стула” при этом не используются. Для анализа микробных “джунглей” кишечника используются методы метагеномики. Они позволяют описать, сколько уникальных последовательностей ДНК присутствует у конкретного человека, какие группы бактерий преобладают, а какие отсутствуют. К слову, когда такие технологии (например, секвенирование 16S-рРНК появились, выяснилось, что 75% видов, обнаруживаемых при генетическом анализе того же кала, вообще не известны науке.

Стоп. То есть делать посев стула вообще нет смысла?

Я этого не говорил. Мы обязательно выполняем посев стула, если хотим выявить рост по-настоящему вредных бактерий. Например, у человека с кровавой диареей мы пытаемся найти Сальмонеллу или Шигеллу, Кампилобактерию или особую разновидность кишечной палочки. Здесь посев кала жизненно необходим, ведь так мы сможем назначить лечение антибиотиком - убить конкретного возбудителя.

Грамотный врач выполняет диагностический тест только тогда, когда его результат может изменить лечение. Если и при “дефиците” лактобактерий, и при “избытке” кишечной палочки будет назначено одно и то же лекарство или диета, анализ является пустой тратой денег.

Результат доступного за сотню евро генетического теста кишечной микрофлоры. Что с этой красивой табличкой делать, мы не знаем

Полноценное исследование собственной микрофлоры уже можно сделать на коммерческой основе в США и Европе. Стоит “удовольствие” около 100 евро, и в результате генетического анализа микрофлоры вы получите заключение (например, вот такое) о преобладающих в вашем пищеварительном тракте бактериях. Проблема в том, что и эти результаты невозможно применить на практике. Потому что:

Пока у нас НЕТ способа, избирательно менять состав кишечных бактерий

Предположим, мы однозначно установили, что у человека имеется дефицит какой-то конкретной микроорганизмы (например, лактобактерий). Мы можем:

  • Дать пробиотик (то есть конкретную живую бактерию) и надеяться, что она останется жить в кишечнике
  • Дать пребиотик (то есть “корм” для бактерии) и надеяться, что это усилит рост именно нужной нам бактерии
  • Дать антибиотик (яд для бактерии) и надеяться, что погибнет именно чрезмерно размножившаяся бактерия
  • Пересадить человеку чужую микрофлору - сделать трансплантацию фекальной микробиоты (ввести разбавленный стул здорового человека больному человеку).

Очевидно, избирательным действием можно считать только назначение пробиотика. Максимальная доза лучшего коммерческого пробиотика - это 10 млрд. жизнеспособных бактерий в дозе препарата. В кишечнике обитает около 100 триллионов бактерий. То есть, на каждую бактерию “из аптеки” приходится 10 тысяч бактерий, уже “проживающих” в кишке. Маловероятно, что это ничтожное количество бактерий сможет преодолеть колонизационную резистентность и “заселить” кишку. Кроме того, механизм действия пробиотиков (когда они работают) может вообще быть связан с не с самими бактериями: у трансгенных мышей, предрасположенных в воспалению кишечника это самое воспаление удалось остановить, применяя не “живой” пробиотик, а вообще ДНК и некоторые белки, выделенные из “убитого” температурой препарата.

Ну, а главное: одно дело - теория и лабораторные исследования, другое дело - клинические испытания (то есть изучение эффекта препаратов у людей). Разберем три типовых для России ситуации, когда человеку предлагают сдать “анализ кала на дисбактериоз”

Колики у новорожденного.

Мама жалуется, что ребенок много плачет. К слову, любой ребенок в первые три месяца жизни кричит от 117 до 133 минут в сутки (мета-анализ). Наличие или отсутствие колик (беспричинный крик более 3 часов за день хотя бы 3 дня в неделю), в целом, не влияет на риск задержки развития ребенка. В одном исследовании, простая беседа с родителями о “безопасности” колик уменьшала продолжительность плача с 2,6 до 0,8 часов в день. Дети - эмпаты.

Чаще бывает не так. Выполняется анализ кала на дисбактериоз, там, естественно (норма-то взята с “потолка”), обнаруживаются “отклонения”. Назначается пробиотик. И часто ведь помогает: еще бы, ведь частота колик неумолимо снижается с возрастом ребенка. При этом уверенности в том, что пробиотики вообще эффективны при коликах, у нас нет. Многочисленные мета-анализы, посвященные лечению и профилактике этого состояния, не смогли однозначно подтвердить эффективность пробиотиков. Возможно, какое-то полезное действие оказывает пробиотик Lactobacillus reuteri. Вот только для того, чтобы назначить этот препарат, анализ кала на “дисбактериоз” нам совершенно не нужен.

Атопический дерматит у ребенка

Все уверены, что проблемы с кожей - от “живота”. Будь это так, наверное, атопический дерматит прекрасно лечился бы пробиотиками. Но этот подход не слишком эффективен. Последний мета-анализ свидетельствует: применение пробиотиков (главным образом, Lactobacillus rhamnosus GG) несколько уменьшает выраженность экземы, но эффект этот весьма символический, а дополнительная терапия пробиотиком не позволяет сократить частоту применения местных стероидов, которые (вместе с увлажнением кожи) остаются основой лечения атопического дерматита. И вновь: назначить этот пробиотик мы можем вне зависимости от “результатов” “анализа на дисбактериоз”

Вздутие и спазмы в животе у взрослого.

Вздутие живота чаще всего является проявлением избыточного бактериального роста в тонкой кишке (СИБРа), при котором помогает не пробиотик, а антибиотик, например, рифаксимин. Это состояние диагностируется при помощи специального дыхательного теста. Нередко постоянное вздутие живота является следствием внешнесекреторной недостаточности поджелудочной железы: дефицит ферментов в стуле можно выявить при помощи теста на фекальную эластазу, назначив при снижении постоянную терапию ферментами. Но чаще всего ощущение “вздутия” связано с повышенной чувствительностью кишки (висцеральной гиперчувствительностью), которая развивается у людей с синдромом раздраженного кишечника. Как вы уже догадались, для того, чтобы оценить количество бактерий в тонкой кишке, функцию поджелудочной железы или чувствительность кишки к растяжению, изучать 20 бактерий в кале бессмысленно. Да и эффективность пробиотиков при синдроме раздраженного кишечника вызывает сомнения.

Так нужно хоть в какой-то ситуации сдавать “кал на дисбактериоз”?

Нет. Никогда. Ни при каких обстоятельствах.

Мы не лечим вздутие живота, изучая линии на ладони. Мы не лечим сыпь, глядя в хрустальный шар. Мы не делаем бессмысленный анализ на дисбактериоз, чтобы назначить лечение.

Мы ждем, когда доказательная медицина предложит нам эффективные препараты и практические способы понять, что не так с нашими бактериями.

Жду вместе с вами!

Анализ кала на дисбактериоз

Источник: Харитонов Андрей Геннадьевич

Вы наверняка знаете, что доказательная гастроэнтерология не использует в своей работе анализ кала на дисбактериоз. Но мало кто знает, почему так происходит.

У меня на приеме молодая пациентка с желудочно-кишечными жалобами и большой просьбой: доктор, у меня в анализе кала на дисбактериоз всегда находят отклонения от нормы и лечат антибиотиками. Что сделать, чтобы это прекратилось? Мой ответ – никогда больше не сдавайте данный анализ.

Если вы пациент гастроэнтеролога, то наверняка сдавали анализ кала на дисбактериоз. И скорее всего не раз. Поройтесь в своей медицинской документации, найдите это бланк с анализами, взгляните на числа со степенями. А теперь скомкайте листок и выбросьте его в мусорное ведро! Потому что анализ кала на дисбактериоз вам больше не нужен.

Почему не нужен? И как же теперь узнать о своих кишечных бактериях?? Может быть вы и дисбактериоз отрицаете???

Начну с последнего вопроса – дисбактериоз или (если использовать более современный термин) дисбиоз реально существует. Кишечный дисбиоз есть нарушение качественного и количественного состава микробиоты кишечника. Микробиота – это совокупность микроорганизмов, которые представлены не только бактериями, но и грибами, вирусами, простейшими, и даже некоторыми небактериальными микроорганизмами типа архей. И эта совокупность очень важна для правильной работы кишечника в частности, и нашего организма в целом.

Вот только анализ кала на дисбиоз/дисбактериоз («дисбак» на врачебно-пациентском сленге) к адекватной оценке того, каков состав кишечной микробиоты в нашем кишечнике, отношения не имеет. Что мы знаем о микроорганизмах, населяющих наш желудочно-кишечный тракт? Во-первых, то, что в разных отделах пищеварительной трубки разное количество микроорганизмов. Так, в желудке и начальных отделах тонкой кишки в 1 мл содержимого находится в 1000 раз меньше «жителей», чем в подвздошной кишке. А в толстой кишке на 1 г каловых масс приходится до 1014 микроорганизмов, включая не только бактерии, но и грибы, вирусы, простейшие, а также небактериальные археи и эукариоты [PMID: 35105664].

Во-вторых, отделы кишечника различаются между собой по бактериальному составу. Например, в тонкой кишке преобладают типы Firmicutes, Proteobacteria и Actinobacteria, с меньшим количеством Bacteroidetes. Внутри этих типов можно встретить такие микроорганизмы, как известные всем бифидо- и лактобактерии, а также несколько других родов. Тонкая кишка довольно-таки изменчивая среда, которая постоянно подвергается воздействию кислоты, желчи, ферментов, кислорода, и не всякие бактерии тут могут жить, а потому и количество их довольно небольшое. В толстой кишке подавляющее большинство бактерий – анаэробы, то есть прекрасно себя чувствующие без кислорода. Правильно, ведь толстая кишка полна других газов – водорода, метана, сероводорода и т.д.

Все бактерии толстой кишки делятся на просветные и пристеночные. Просветные микроорганизмы – это те самые, что будут находиться в образцах кала, которые мы многие годы собирали в спичечные коробки. Помимо просветных микроорганизмов есть еще и пристеночные, которые находятся в слое кишечной слизи. Их разнообразие значительно меньше, а вот функциональная активность выше [PMID: 26269668].

Большая часть важнейших представителей пристеночной толстокишечной микробиоты никогда в условный коробок с анализом не попадут. Не попадут в поле зрения врача-лаборанта и бактерии из тонкой кишки, если сдавать анализ кала, – кал формируется в толстой кишке.

Да даже если бы мы что называется соскребли слой кишечной слизи и собрали образцы какашек с бактериями, возникает проблема культивирования – многие микроорганизмы не растут в обычных средах и соответственно не выявляются привычными нам посевами кала. Не случайно в традиционном посеве кала на дисбактериоз/дисбиоз всего 20 разновидностей бактерий. А согласно современным данным в нашем кишечнике ПОКА выявлено несколько тысяч видов микроорганизмов [PMID: 35790781]. Помимо бактерий это и вирусы, и простейшие, и грибы (да-да, они тоже компоненты нормальной кишечной микробиоты!), а также другие организмы.

Различия впечатляют, не правда ли: 20 и несколько тысяч! Что анализировать собрались посевом кала на дисбиоз? По меткому выражению одного из коллег это все равно что встать на краю леса, копнуть лопаткой образец почвы и утверждать, что во всем лесу только такая почва и есть. Попробуйте пройтись по лесу, если не согласны.

Итак, анализ кала на дисбиоз не позволяет даже близко понять, что происходит с бактериями толстой кишки. А ведь не зная полного состава кишечных жителей затруднительно делать какие-то выводы даже в случае, если мы нашли увеличение количества одних микроорганизмов по сравнению с другими. А почему вы решили, что это не норма?

Мы-то с вами как привыкли? Повышены эти бактерии и снижены вон те – значит надо сразу лечить. Современная гастроэнтерология оперирует другими понятиями. Например, отмечено, что при определенных болезнях меняется соотношение одних типов бактерий к другим. А при других заболеваниях мы и таких изменений пока не смогли установить. И самое главное: даже установив с точностью до последнего микробика изменения и доказав, что эти изменения характерны для определенной патологии, мы все равно не знаем, что с этими находками делать.

Напишу прямо: отклонение бифидо- и лактобактерий, а также других нормальных жителей кишечника в рассматриваемом нами анализе не надо лечить антибиотиками и пробиотиками. Просто покормите бактерии пищевыми волокнами/клетчаткой и самое главное – не сдавайте больше этот анализ.

Наверное, единственное применение анализа кала на дисбак заключается в оценке одной строки на бланке в анализе, где указаны патогенные бактерии. Но ведь для этих целей существует специальный посев кала на патогенную кишечную микрофлору.